Fue en Vísperas de Pentecostés en 1977, cuando un grupo de jóvenes que preparaban su Confirmación, se reunió por primera vez a meditar la Palabra de Dios. Ese día era el comienzo del Movimiento Manquehue. Estos alumnos del colegio SS.CC Manquehue, estaban llenos de ideales, con ganas de hacer cosas y de profundizar en la amistad en Cristo, es por esto que, cuando terminó su preparación para la Confirmación, le pidieron a quién los había acompañado durante este proceso, José Manuel Eguiguren, seguir con él.
Este grupo de amigos fue creciendo e incorporando cada vez a más personas. En 1979, el Movimiento es reconocido oficialmente por la Iglesia de Santiago por medio de una carta del cardenal Raúl Silva Henríquez.
La relación de amistad con otros monasterios y comunidades benedictinas se remonta casi a los comienzos de su historia, específicamente en 1981, año en que José Manuel realiza su primera visita a la Abadía de Ampleforth, en Inglaterra.
En 1982, se funda el primer colegio del Movimiento: San Benito. Posteriormente, se funda el Colegio San Lorenzo (1986), en la comuna de Recoleta.
En 1993, el MAM da un gran paso al recibir la Laudatio, carta donde es reconocida y animada a seguir perseverando en su carisma laico, eclesial y benedictino.
En 1995 nace el Colegio San Anselmo, constituyéndose el tercer colegio del Movimiento, al comienzo, funcionando durante las tardes en San Benito. Al año siguiente, se traslada a Chicureo a su sede actual.
La amistad entre el Movimiento y otras comunidades benedictinas del mundo se puede apreciar en diferentes hitos: como la creación del Grupo CUNACO (2000); ser sede de la Conferencia Internacional de Educadores Benedictinos (2007); y recibir la Consociación jurídica de parte de la Congregación Benedictina Inglesa (2010).
El Espíritu Santo sigue soplando e infundiendo la Palabra de Dios a través de distintas acciones evangélicas y misioneras del MAM: por ejemplo, el año 2001 se funda la futura decanía de San José de Mallín Grande (en la Patagonia chilena, iniciando una actividad fructífera bajo la iglesia diocesana de Aysén); y más tarde, el 2015 y 2016 respectivamente, se fundan dos comunidades en Inglaterra: Santa Escolástica (Downside) y San Columba (Ampleforth).